La compagnia di Santo Stefano fondò questo oratorio a partire dall'ultimo decennio del XVI secolo. Già nei primi anni del Seicento giunsero ad arricchire l'aula opere pittoriche di grandi artisti di area genovese tra cui Bernardo Castello che firmò e datò 1619 la pala d'altare con la Lapidazione di Santo Stefano oggi esposta al Museo Diocesano.
Per valorizzare ulteriormente la preziosa quadreria, che consta di oltre tredici tele seicentesche con episodi legati alla vita del Santo, fu affidata nel 1755 a Giovan Maria Serpotta, figlio di Procopio e dunque nipote di Giacomo, l'intera decorazione a stucco dell'oratorio, oggi non più esistenti.
Per quanto la documentazione risulti ambigua, si ritiene tradizionalmente che siano da ascrivere alle sue mani i due angeloni superstiti posti su piedistalli ai lati della cornice in stucco della pala principale.